12 июня 1893 года на полуострове Рыбачем для исследования побережья Мурмана в гидрометеорологическом отношении, обслуживания промыслов и обеспечения безопасности мореплавания в прибрежной зоне Баренцева моря Гидрометеорологической службой Отдела Торговых портов Министерства торговли и промышленности была организована гидрометстанция «Вайда-Губа».
Наблюдения на станции продолжались до 1921 года, с 1921 по 1940 год станция находилась на территории, отошедшей Финляндии по Тартускому мирному договору, и называлась Вайтолахти. После окончания Советско-финской войны 1939-1940 годов, граница между двумя странами вновь была изменена, и Вайда-Губа оказалась на советской территории.
29 июня 1941 г. фашистские дивизии перешли границу в Заполярье и устремились к Мурманску. В тылу у них остался особо значимый в стратегическом отношении полуостров Рыбачий, гарнизон которого героически оборонялся в течение 1195 дней. ГМС «Вайда-Губа» находилась в районе боевых действий. Данные ее гидрометнаблюдений были крайне важны для составления прогнозов погоды, от точности и своевременности которых в немалой степени зависели результаты боевых действий на море и в воздухе и успешность операций по прохождению караванов транспортных судов в порт Мурманск. В программу работ входили: метеорологические, шаропилотные и морские прибрежные наблюдения; подача штормовых предупреждений об опасных явлениях погоды; обработка материалов наблюдений и подготовка ежемесячных гидрометеорологических отчетов. Самоотверженный труд заполярных гидрометеорологов был высоко оценен. За успешное гидрометобеспечение боевых действий начальник ГМС «Вайда-Губа» Я.В. Бондаренко и наблюдатель Н.В. Красавин награждены орденами и медалями.
Географическое расположение гидрометстанции «Вайда-Губа» и в настоящее время определяет значимость, производимых на ней наблюдений. Информация о параметрах ветра и волнении используется для ежедневных прогнозов погоды и важна судам, работающим в прибрежных районах Баренцева моря. Данные о температуре воды и воздуха необходимы при анализе термических условий побережья Мурмана.
Морская гидрометстанция Вайда-Губа является обладателем Почетного свидетельства векового пункта наблюдений.